وولد له عبيد الله ، وأبو بكر ، قال هشام بن الكلبي : وقد قتلا بكربلاء أيضا ، ويحيى ، ومحمد الأصغر ، وعمر ، ورقية ، ومحمد الأوسط.

أما ابنه محمد الأكبر فهو المشهور بابن الحنفية ، وقد كان من سادات المسلمين ، وكان شجاعا أيدا ، فصيحا عالما بالكتاب والسنة ، وكان يفضل أبا بكر وعمر ويثني على عثمان رضي‌الله‌عنه ، مات بالطائف سنة إحدى وثمانين ، وهو يومئذ ابن خمس وستين سنة.

قال ابن جرير : جميع ولد علي أربعة عشر ذكرا ، وسبع عشرة أنثى ، وقال الواقدي : وإنما كان النسل من خمسة ، وهم : الحسن والحسين ، ومحمد بن الحنفية والعباس ، وعمر.

ومنهم الفاضل المعاصر الشريف علي فكري ابن الدكتور محمد عبد الله الحسيني القاهري المولود بها سنة 1296 والمتوفى بها أيضا سنة 1372 في كتابه «أحسن القصص» (ج 3 ص 192 ط دار الكتب العلمية في بيروت) قال :

قد اختلف الناس في عدد أولاده ، فمنهم من أكثر ، ومنهم من أقل ، ففي كتاب الأنوار لأبي القاسم إسماعيل : إن أولاده 32 اثنان وثلاثون ، ستة عشر ذكرا ، وست عشرة أنثى.

وفي بغية الطالب : أولاده رضي‌الله‌عنه 33 ثلاثة وثلاثون ، خمسة عشر ذكرا ، وثماني عشرة أنثى بالاتفاق.

أما الذكور فهم : الحسن ، والحسين ، ومحسن (وأمهم فاطمة الزهراء البتول بنت الرسول صلى‌الله‌عليه‌وسلم) ومحمد الأكبر (أمه خولة بنت جعفر بن قيس الحنفية) فذكر مثل ما تقدم عن «المنتظم» ، وفيه : عوف مكان : عون.

ومنهم الفاضل المعاصر الدكتور محمد أسعد أطلس في «تاريخ العرب» (ج 3 ص 276 ط دار الأندلس بيروت) قال :