عن والده العلامة آية الله في العالمين جمال الملة والحق والدين الحسن بن يوسف بن المطهر الحلي ، عن شيخه الكامل رئيس المحققين أبي القاسم جعفر بن الحسن بن سعيد ، عن السيد الجليل أبي علي فخار بن معد الموسوي ، عن الشيخ الأوحد أبي الفضل شاذان بن جبرئيل القمي ، عن الشيخ الفاضل الفقيه عماد الدين أبي جعفر محمد بن أبي القاسم الطبري ، عن الشيخ الأجل أبي علي الحسن ، عن والده قدوة الفرقة وشيخ الطائفة المحقة أبي جعفر محمد بن الحسن الطوسي . وله ( قدس الله سره ) إلى محمد بن يعقوب طرق متعددة ، منها : عن أسوة الفقهاء والمتكلمين أبي عبد الله محمد بن محمد بن النعمان المفيد ، عن الشيخ الأفضل أبي القاسم جعفر بن محمد بن قولويه ، عن محمد بن يعقوب . وله - أعني الشيخ الطوسي - إلى رئيس المحدثين الصدوق محمد بن علي بن الحسين بن بابويه القمي طرق متعددة ، منها : عن الشيخ أبي عبد الله المفيد ، عن الصدوق قدس الله أرواحهم .