يغلب على تفكير السيّد الروح الاشراقيّة ، يتحرّك في تيار الروح العرفانيّة ، وقد أثّر باتّجاهه الاشراقي هذا على تفكير تلميذيه صدر المتألّهين وملّا محسن الفيض ، وترك على أفكارهما ملامح كثيرة واضحة ، ولعلّ أسماء كثير من كتب السيّد توحي لنا بهذه الروح الاشراقيّة.
ويدلّ على ذلك اختتام كتابه القبسات بدعاء النور ، وهو : «اللّهمّ اهدني بنورك لنورك ، وجلّلني من نورك بنورك ، يا نور السماوات والأرض ، يا نور النور ، يا جاعل الظلمات والنور ، يا نوراً فوق كلّ نور ، ويا نوراً يعبده كلّ نور ، ويا نوراً يخضع لسلطان نوره كلّ نور ، ويا نوراً يذلّ لعزّ شعاعه كلّ نور».
وكثيراً ما يعبّر عن ابن سينا ب«شريكنا السالف في رياسة الفلسفة الإسلاميّة» ، وعن الفارابي ب«شريكنا التعليمي» وغيره.
شعره :
له ديوان شعر جيّد نقتبس منه بعض أشعاره العربيّة والفارسيّة.
فمن مناشداته عند زيارة مولانا الرضا عليه السلام :
طارت المهجة شوقاً بجناح الطرب | لثمت سدّة مولى بشفاه الأدب | |
نحو أوج لسماء قصد القلب هوى | ولقد ساعدني الدهر فيا من عجب | |
اُفق الوصل بدى إذ ومض البرق وقد | رفض القلب سوى ميتة تلك القلب | |
لا تسل عن نصل الهجر فكم في كبدي | من ثغور فيه وكم من ثقب | |
كنت لا أعرف هاتين أعيناي هما | أم كؤوس ملئت من دم بنت العنب | |
بكرة الوصل أتتني فقصصنا قصصاً | من هموم بقيت لي بليال كرب | |
قيل لي قلبك لم يؤثر من نار هوى | قلت دعني أنا ما دمت بهذا الوصب | |
أصدقائي أنا هذا وحبيبي داري | روضة الوصل ولم أغش غوامش الحجب |
أنا في مشهد مولاي بطوس أنا ذا
ساكب الدمع بعين وربت كالسحب