وصية المفضل بن عمر منه السلام وإليه التسليم لجماعة من الشيعة، تتضمن هذه الوصية بتقوى الله والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر والالتزام بالعبادات والتفقه بالدين والتحلي بمكارم الأخلاق وولاية آل محمد وبث العلم.
كتاب الهفت الشريف هو أملاء مولانا جعفر الصادق عز عزه برواية المفضل بن عمر الجعفي منه السلام وإليه التسليم، يتضمن هذا الكتاب على مفاهيم عدة، مثل بداية الخلق والعلة في ذلك والعوالم والأكوار والأدوار وتشبيه في قتل مولانا الحسين عز عزه جل ربي عن القتل والتنكيل وغيرها من مواضيع.
الرسالة المفضلية (الصورة الأنزعية) هو أملاء مولانا الصادق عز عزه برواية المفضل بن عمر، عمر الله به قلوب المؤمنين، وهو يتضمن على ظهور الباري جل وعلا وتنزيهه عن الصورة، وتفسير سورة النور بالمفهوم الباطني، وبداية خلق الحروف وعلة جعل حرف الألف في المقدمة بعد ما كان في الخاتمة.