له عدة مؤلفات:

وهي ضمن ما أخبر به مولانا جعفر الصادق عز عزه للمفضل منه السلام وإليه التسليم: أكتب وبث علمك في إخوانك، فإن مت فأورث كتبك بنيك، فإنه يأتي الناس زمان هرج لا يأنسون فيه إلا بكتبهم.¹

ومنها:

كتاب الفكر المسمى بكتاب التوحيد هو أملاء مولانا جعفر الصادق عز عزه برواية المفضل بن عمر، الذي دحض بها أقاويل المشركين والملحدين في معرفة الخلق والاعتبار.

كتاب الإهليلجة هو رسالة كتبها باب الله الأعظم المفضل بن عمر منه السلام وإليه التسليم للمولى الصادق عز عزه يُعلمه أن أقوامًا ظهروا من أهل الملة يجحدون الربوبية، ويجادلون على ذلك، ويسأله أن يرد عليهم قولهم، ويحتج عليهم فيما ادعوا بحسب ما احتج به على غيرهم.